Mỗi gen mã hóa protein gồm 3 vùng trình tự nucleotit:
- Vùng điều hòa: nằm ở đầu 3' của mạch mã gốc của gen, có trình tự nucleotit đặc biệt giúp ARN polymeraza có thể nhận biết và liên kết để khởi động quá trình phiên mã, đồng thời cũng chứa trình tự nucleotit điều hòa quá trình phiên mã.
- Vùng mã hóa: mang thông tin mã hóa các axit amin.
- Vùng kết thúc: nằm ở đầu 5' của mạch mã gốc của gen, mang tín hiệu kết thúc phiên mã.