Giống nhau: cả 3 bào quan đều có màng đơn, chứa enzyme thủy phân.
Khác nhau: Lysosome và không bào có nguồn gốc từ hệ thống màng nội bào, còn peroxysome thì không. Lysosome làm nhiệm vụ tái chế các bào quan đã già và tiêu hóa thức ăn theo con đường thực bào. Không bào chứa nước và các chất hoàn tan điều hòa áp suất thấm thấu; chứa enzyme khử độc; chứa các sắc tố hoa thu hút côn trùng đến thụ phấn; chứa các phế thải và chất độc bảo vệ cây khỏi côn trùng gây hại. Ở động vật nguyên sinh, không bào giúp tiêu hóa thức ăn, điều hòa áp suất thẩm thấu.