Trong phân tử protein, liên kết hydrogen không tham gia vào cấu trúc bậc 1. Vì trong cấu trúc bậc 1 các amino acid liên kết liên kết với nhau nhờ liên kết peptide (giữa nhóm NH₂ của aa này với nhóm COOH của aa kế tiếp) tạo nên chuỗi Polypeptide có dạng mạch thẳng có 1 đầu C và 1 đầu N.