Phương pháp nghiên cứu di truyền của Menđen là một phương pháp độc đáo. Vì:
- Chọn đối tượng thí nghiệm là đậu Hà Lan: Tự thụ phấn nghiêm ngặt → dễ tạo dòng thuần, thời gian sinh trưởng ngắn (khoảng 3 tháng), có nhiều tính trạng tương phản dẫn đến dễ theo dõi kết quả ở đời con.
- Phương pháp phân tích cơ thể lai:
+ Tạo các cơ thể thuần chủng.
+ Lai các cơ thể thuần chủng đối lập nhau về từng cặp tính trạng.
+ Theo dõi sự di truyền riêng rẽ của từng cặp tính trạng trên con cháu của từng cặp bố mẹ.
+ Dùng thống kê toán học phân tích số liệu thu được, rút ra quy luật di truyền.
+ Việc tìm ra phép lai phân tích để kiểm tra tính thuần chủng của giống lai cũng là điểm đặc biệt trong phương pháp của Menđen.