Việc ứng dụng vi sinh vật trong sản xuất nước tương, nước mắm dựa trên cơ sở: Các vi sinh vật có thể sinh ra một số enzyme như amylase chuyển hóa tinh bột thành đường, enzyme protease chuyển hóa protein trong đậu tương thành amino acid, hay phân giải thịt cá thành polypeptide và amino acid.